Emilia Isabelle Euphemia Rose Clarke Londonban született 1987. október 23-án.  A 2000-es évek elején Emiliát felvették a St. Edward’s School-ba, ahol öt évig tanult és 2005-ben végzett. Tanulmányait a híres Drama Centre London-ban folytatta, ami Nagy-Britannia egyik legnevesebb színművészeti iskolája. A képzés során rengeteg iskolai darabban szerepelt, mint például a Hamlet, The Changeling, A Flea in Her Ear, Awake, The Government Inspector és a Pygmalion. 2009-ben diplomázott.Miután lediplomázott, kisebb film és sorozatszerepeket kapott. Ezek közé tartozik például a BBC által készített Doctors, valamint a Triassic Attack című fantasy/sci-fi TV film. Feltűnt egy jótékonysági kampány reklámfilmjében is. A jótékonysági kampány célja egy 24 órás érzelmi segítségnyújtás szorongó, kétségbeesett emberek számára. Emilia a szívén viselte ezt a kampányt, ezért is vállalta el, hogy szerepel a Lisa’s Story című reklámfilmjükben. Karrierjében egyértelműen a 2011-es Game of Thrones (Trónok Harca) című sorozat jelentette az áttörést, amelyben Daenerys Targaryen karakterét alakítja. A szerepet eredetileg Tamzin Merchant-nak szánták, de ő az első epizód forgatása során kiszállt, ezért a készítőknek új színésznő után kellett nézniük. Emilia saját bevallása szerint sose gondolta volna, hogy megkapja a szerepet és meg is lepődött, mikor őt választották. A sorozat azóta az HBO egyik legnézettebbje lett, aminek következtében egyre többen figyeltek fel Emilia tehetségére. A sorozat 2019-ban ért véget a 8. évaddal. 2011-ben megemlítették a „UK Stars of Tomorrow” listán, és újabb filmszerepek is érkeztek. 2013-ban Emmy-díjra is jelölték "Legjobb drámai mellékszereplő" kategóriában Daenerys szerepéért. 2012-ben feltűnt a Shackled című rövidfilmben és a Spike Island című drámában. 2013 márciusában debütált a Breakfast at Tiffany’s című darab a Brodway-n, amely Truman Capote azonos című regényéből készült. Emilia a főhős, Holly Golightly szerepét tudhatta magáénak. Ugyanebben az évben a Futurama című animációs sorozatban kölcsönözte a hangját az egyik karakternek, az epizód augusztus végén került vetítésre. 2013-ban mutatták be legújabb, Dom Hemingway című filmjét, amelyben Evelyn szerepét alakítja és olyan színészekkel játszik együtt, mint Jude Law és Richard E. Grant. A film egy hírhedt londoni széftörőről, Dom Hemingwayről (Jude Law) szól. A 2013-as év végén megkapta Sarah Connor szerepét a legújabb Terminátor filmben, a Terminator: Genisys-ben. Itt Jai Courtney és Arnold Schwarzenegger mellet láthatjuk főszerepben. A film 2015. júniusában került mozivászonra. 2016 júniusában jelenik meg legújabb romantikus produkciója, a Me Before You, amely Jojo Moyes bestseller könyve alapján készül, és amelyet jelenleg is forgat a színésznő. A filmben Sam Claflin oldalán játszik majd főszerepet, Louisa Clark karaterét formálja meg. Hazánkban június 16-án debütált a produkció. 2017-ben  a Voice From The Stone drámában egy ápolónőt alakitott. 2018-ban a Han Solóról szóló Star Wars előzményfilmben láthattuk főszerepben. 2019-ben az Above Suspicion című filmben Susan Smith szerepét öltötte magára. 2019. végén a romantikus komédiában a Last Christmasban Kate-t alakítja az Oscar-díjas Emma Thompson mellett.